Borgerkrig 1990-1994
I oktober 1990 gik Rwandas Patriotiske Front (RPF) ind over grænsen til Rwanda fra nabolandet Uganda. Fronten bestod hovedsageligt af tutsier, der i sin tid var flygtet fra Rwanda, og som nu krævede retten til atter at vende hjem samt politiske og militære reformer. Det blev starten på en borgerkrig i landet. Efter internationalt pres underskrev partnerne i 1993 en fredsaftale.
Om eftermiddagen den 1. oktober 1990 gik en gruppe på ca. 50 bevæbnede mænd ind over grænsen til Rwanda fra Uganda. De dræbte en af grænsevagterne, og tvang resten til at flygte. Få minutter senere trængte flere hundrede medlemmer af Rwandas Patriotiske Front (RPF) ind over grænsen. RPF bestod på det tidspunkt af omkring 2500 mand og blev ledet af den karismatiske generalmajor Fred Rwigyema.
Frontens medlemmer var hovedsageligt tutsier. De var igennem tiderne flygtet fra Rwanda på grund af overfald og diskrimination, og de angreb nu deres tidligere hjemland Rwanda i et forsøg på at tvinge landets præsident Habyarimana til at give dem og andre flygtninge tilladelse til atter at vende tilbage til Rwanda. Derudover anklagede de styret i Rwanda for at være korrupt og udemokratisk.
Fiktivt angreb på Kigali
Fire dage efter at RPF angreb Rwanda i 1990 hørtes der lyden af voldsomme bombardementer i hovedstaden Kigali. Regeringen gav RPF skylden, men senere hen har det vist sig, at angrebet i virkeligheden var iscenesat af præsident Habyarimana. Det fiktive angreb gav ham en undskyldning for at slå hårdt ned på sine politiske modstandere, som han beskyldte for at samarbejde med RPF. Over 13.000 mennesker blev arresteret, mange blev tortureret og flere dræbt.
Hærene opruster til krig
Kun en uge efter, at Rwandas Patriotiske Front gik over grænsen, blev de atter slået tilbage af Habyarimanas regeringstropper. Frontens nederlag fik en anden RPF-leder Paul Kagame til at reagere. Han havde i sin tid kæmpet side om side med Fred Rwigyema, men havde været i USA for at modtage militærtræning, da RPF angreb Rwanda.
Ved nyheden om det fejlslagne angreb hastede han tilbage og overtog lederskabet med RPF. Fra hele verden ankom flygtninge og efterkommere af flygtninge, der alle ønskede at vende tilbage til Rwanda, for at slutte sig til Fronten. På mindre end fire måneder fordobledes antallet af medlemmer i RPF, og i januar 1991 var Fronten atter klar til at angribe Rwanda.
Regeringstropperne modtog også forstærkninger. Da de gik til modangreb mod RPF i oktober 1991, havde de fået forstærkning fra Congo, Belgien og Frankrig, der var Rwandas allierede, og i den efterfølgende tid blev der rekrutteret heftigt til regeringstropperne. Fra at være en hær på godt 5.200 mand i oktober 1990, steg antallet til 15.000 i midten af 1991 for til sidst at ende på omkring 50.000 mand i 1992.
Lederne af RPF
Den oprindelige leder af Rwandas Patriotiske Front, Fred Rwigyema, blev dræbt allerede to dage efter RPF’s invasion af Rwanda i oktober 1990. Lederskabet blev derefter overtaget af Paul Kagame, der tidligere havde kæmpet sammen med Rwigyema i Uganda, hvor de begge var opvokset. Under Paul Kagame ledelse lykkedes det for RPF at indtage Rwandas hovedstad Kigali i juli 1994, og dermed stoppe folkedrabet. I dag er Paul Kagame præsident i Rwanda.
Underskrivning af fredsaftale
Rwandas Patriotiske Front var ikke stærk nok til at besejre regeringstropperne en gang for alle, men valgte i stedet flere gange at angribe for derefter hurtigt at trække sig tilbage. Denne guerillataktik kunne mærkes i Rwanda. Mange hundrede tusinde mennesker flygtede fra de angrebne områder efter at have hørt rygter om overgreb fra RPF, hvilket dog ikke er blevet bekræftet. Produktionen af te og kaffe blev ramt, og Rwandas begyndende turistindustri blev ødelagt.
Habyarimana reagerede på angrebne ved at slå hårdt og brutalt ned på mange tutsier. Dette vakte bekymring hos menneskerettighedsorganisationer i bl.a. Belgien, Frankrig og USA, og de var med til at skabe en del opmærksomhed om Habyarimanas udemokratiske styre. I international sammenhæng udviklede Rwandas Patriotiske Front sig derfor fra at være en lille oprørshær til at få status som en legitim deltager i den internationale debat om Rwandas politiske fremtid.
Internationalt pres fra bl.a. Frankrig og USA tvang Præsident Habyarimana til mødes med Rwandas Patriotiske Front i Arusha i Tanzania i løbet af 1992 og 1993 for at finde en politisk løsning på krigen. I over 13 måneder diskuterede de to parter, før de blev enige om en fredsaftale, der skulle sikre både politiske og militære reformer i Rwanda. Arusha-aftalen ville give tutsierne mulighed for at vende tilbage til Rwanda, og deltage i regeringen. Derudover så skulle RPF slås sammen med regeringstropperne.
Mange hutuer var modstandere af Arusha-aftalen. De anså Habyarimana for at have forrådt hutuernes interesser, og de begyndte i mellemtiden at planlægge, hvordan de bedst kunne slippe for at efterkomme tutsiernes krav om medbestemmelse en gang for alle.